Program Studi Manajemen Pendidikan Islam, sebagai program studi baru di Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Pamekasan, didirikan berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1492 Tahun 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada program Sarjana. Sejarah berdirinya program ini mencerminkan tanggapan yang progresif terhadap kebutuhan akan pemimpin pendidikan yang kompeten dalam mengelola institusi pendidikan Islam. Dengan bernaung di bawah Jurusan Tarbiyah, program studi ini menggabungkan tradisi pendidikan Islam yang kaya dengan pendekatan manajemen yang modern, menawarkan landasan yang kokoh bagi mahasiswa untuk memahami dan mengelola pendidikan Islam secara efektif dan inovatif.

Seiring perkembangan waktu, Program Studi Manajemen Pendidikan Islam kemudian bernaung di bawah Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Madura, mengikuti perubahan bentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pamekasan menjadi IAIN Madura sesuai dengan Peraturan Presiden No 28 Tahun 2018 tentang Perubahan Bentuk STAIN Pamekasan Menjadi IAIN Madura. Langkah ini dilakukan sesuai dengan arahan Peraturan Menteri Agama Nomor 34 Tahun 2018 tentang Organisasi Tata Kerja IAIN Madura, yang memperkuat struktur organisasi dan tata kerja institusi tersebut.

Program Studi Manajemen Pendidikan Islam didirikan oleh Dr. H. Saiful Hadi, M.Pd., yang juga menjabat sebagai Kaprodi pertama mulai dari tahun 2014 hingga tahun 2018. Sebagai inisiator utama, Dr. H. Saiful Hadi membawa visi dan dedikasi dalam membangun program studi ini sebagai salah satu yang terdepan dalam menawarkan pendidikan tinggi berkualitas dalam manajemen pendidikan Islam. Di bawah kepemimpinannya, program studi ini mulai mengukir jejaknya dalam mempersiapkan para mahasiswa untuk menjadi pemimpin pendidikan yang kompeten dan berpengaruh dalam konteks pendidikan Islam. Dedikasi beliau telah memberikan fondasi yang kokoh bagi pengembangan program studi ini di masa mendatang.

Pada tahun 2018, kepemimpinan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam diserahkan kepada Dr. H. Ali Nurhadi, S.Pd., M.Pd., yang mengambil alih posisi Kaprodi dari pendiri sebelumnya. Bersama dengan Dr. H. Ali Nurhadi, Sekretaris program studi dipegang oleh Hilmi Qosim Mubah, M.Pd.I, yang mendampingi kepemimpinan hingga tahun 2022.

Pada tahun 2022, kepemimpinan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam diserahkan kepada Hilmi Qosim Mubah, M.Pd.I yang sebelumnya menjabat sebagai Sekretaris program studi. Sementara itu, posisi Sekretaris program studi dipegang oleh Rinta Ratnawati, SS., M.Pd., yang memperkuat tim kepemimpinan dengan pengalaman dan kompetensinya dalam bidang pendidikan. Dibawah kepemimpinan Hilmi Qosim Mubah dan Rinta Ratnawati, Program Studi Manajemen Pendidikan Islam terus berkomitmen untuk memberikan pendidikan yang berkualitas dan relevan dalam menghasilkan lulusan yang siap bersaing dan berkontribusi dalam dunia pendidikan Islam. Keberlanjutan kepemimpinan ini diharapkan akan membawa program studi menuju pencapaian prestasi yang lebih tinggi serta terus mengikuti perkembangan dan tuntutan zaman.