Keanggotaan HMPS MPI mencakup seluruh mahasiswa yang secara resmi terdaftar di Program Studi Manajemen Pendidikan Islam IAIN Madura. Struktur keanggotaan dalam organisasi ini terbagi menjadi dua kategori yang menggambarkan perbedaan tingkat pengalaman dan masa studi, yaitu Anggota Junior dan Anggota Senior.

Anggota Junior umumnya terdiri dari mahasiswa yang masih berada pada tahap awal perkuliahan dan baru bergabung dengan organisasi. Mereka dalam proses mengenal dan beradaptasi dengan dinamika organisasi serta aktif belajar dari anggota yang lebih berpengalaman. Sementara itu, Anggota Senior adalah mahasiswa yang telah memiliki pengalaman lebih lama dalam organisasi dan umumnya berada pada semester yang lebih tinggi. Mereka berperan dalam memberikan bimbingan, arahan, serta transfer pengetahuan kepada anggota junior.

Pembagian keanggotaan ini mencerminkan sistem regenerasi yang berkelanjutan dalam HMPS MPI, dimana terjadi proses transfer pengetahuan dan pengalaman antar generasi mahasiswa, sehingga keberlanjutan organisasi dapat terjaga dengan baik di lingkungan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam IAIN Madura.